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菌落PCR出現假陽性的原因：可能使用了錯誤的PCR鑒定引物、樣品間交叉污染、PCR試劑的污染、PCR擴增產物的污染、氣溶膠污染以及實驗室中克隆質粒的污染。‌

‌1.使用了錯誤的PCR鑒定引物‌：

在進行菌液PCR時，如果使用了基因特異引物，可能會從游離的目的片段DNA上擴增出條帶，而不是從重組質粒上，導致假陽性結果。推薦使用一對載體通用引物進行菌液PCR鑒定，以減少假陽性的發生‌。

2. ‌樣品間交叉污染‌：

樣品污染可能由于收集樣本的容器被污染、樣本放置時密封不嚴溢于容器外、容器外粘有樣本而造成相互間交叉污染。此外，樣本核酸模板在提取過程中，由于吸樣槍污染也可能導致標本間污染‌。

‌3.PCR試劑的污染‌：

在PCR試劑配制過程中，加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染，也是造成假陽性的原因‌。

‌4.PCR擴增產物的污染‌：

PCR反應中主要常見的污染問題是PCR擴增產物污染。微量的PCR產物污染就可形成假陽性‌。

‌5.氣溶膠污染‌：

在空氣與液體面摩擦時可形成氣溶膠，劇烈地搖動反應管、開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題‌。

‌6.實驗室中克隆質粒的污染‌：

由于克隆質粒在單位容積內含量相當高，且在純化過程中需用較多的用具及試劑，活細胞內的質粒具有很強的生命力，其污染可能性也很大，這也是造成假陽性的一個重要原因‌。

為了避免假陽性的出現，應采取適當的措施減少上述各種污染的可能性，如使用正確的PCR鑒定引物、嚴格操作規范、避免交叉污染等‌。

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