要想底氣十足地秀出你的WB實驗結果,單單內參對照就是一門學問。在對靶
蛋白進行分析時,先考慮是否等量上樣,其次考慮信號是否屬于檢測的線性范圍。那么,內參蛋白就尤為重要!
通常,感覺內參蛋白就是 β-actin 或 GAPDH 等。實際上,可以選擇的內參有很多,而選擇內參有一定的標準。,實驗條件不能改變內參蛋白上樣量。第二,對照內參的分子量必須與靶蛋白不同。第三,也是重要的一點,檢測到的內參蛋白和靶蛋白的信號必須在一個線性范圍內,否則你會發現你的條帶無法進行定量。
然而,實際操作中,很多同學沒有意識到上述的第三個標準。他們認為,印跡上的內參蛋白數量與細胞數量成正比,但這可能是錯誤性的假設而已,特別是使用單個內參蛋白對多種 WB 實驗進行標準化時。實際上,沒有一種內參蛋白能同時滿足以上3 點標準,又適用于你各種不同靶點的實驗。通常內參蛋白遠比靶蛋白豐富得多。在同一稀釋度下,測定內參和靶蛋白時,內參蛋白的信號可能較為飽和,甚至會超過檢測線性動態范圍,這就導致不能報告出泳道之間的差異。
當然 WB 的信號也與檢測方法緊密相關。與膠片相比,使用電荷耦合器件 (CCD) 相機檢測增強型化學發光 (ECL) 可產生出色的線性動態范圍。如果數字信號飽和,則可以使用軟件設置來顯示紅色像素。經證實,熒光掃描(使用與熒光染料而不是過氧化物酶偶聯的二抗)可避免發光化學的固有限制,因而更好。所以在設置實驗時,采用這些方法可能意味著更少的梯度稀釋次數。但如果你的實驗室無法使用新好的技術,你也可以使用傳統ECL 和膠片獲得較好的數據,但需要你花時間設置實驗,解決等量上樣和動態范圍問題。
既往還有文獻推薦在做實驗,好考慮使用 5 個內參蛋白,這有助于你發現至少一個(好的時候多個)在靶蛋白線性范圍內的內參,但使用多個內參蛋白存在耗費時間、試劑的問題,特別是樣品珍貴的情況下。所以相對可行的是測定每個樣品泳道中的總蛋白上樣量,無需探測多個內參蛋白。對每個泳道的所有蛋白條帶或多個離散條帶進行染色和掃描,同時還要確保染色劑不會干擾后續的免疫檢測。
對于許多研究生和博士后,可能會覺得進行 WB 實驗是“常規程序”。但也不要忘了,解釋實驗的數據時,細節決定成敗。仔細考慮樣品制備、轉移條件和一抗等問題,將幫助你避免出現失誤。到了文章發表的時候,記得提供所有詳細信息,以便其他人準確評估結果并重復做出實驗。這才是負責地進行 WB 實驗嘛!