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RNA結合蛋白在轉錄后的剪接加工、修飾、轉運、細胞定位、穩定性、翻譯和降解等RNA代謝過程中發揮著重要的調控功能，但其在轉錄水平的調控功能和機制尚未有系統的研究。

來自武漢大學醫學研究院，加州大學圣地亞哥分校的研究人員發表了題為“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-based Regulation of Transcription”的文章，通過ChIP-seq（染色質免疫沉淀測序）技術大規模檢測了63個有細胞核定位的RNA結合蛋白與染色質的相互作用，意外地發現約60%的RNA結合蛋白與染色質有廣泛的相互作用，并且富集在基因啟動子和增強子區域。

這一研究發現公布在6月27日的Cell雜志上，文章的通訊作者為武漢大學醫學研究院、免疫與代謝前沿科學中心肖銳研究員（同為作者）與美國加州大學圣地亞哥分校（UCSD）付向東教授。
 

研究人員通過ChIP-seq（染色質免疫沉淀測序）技術大規模檢測了63個有細胞核定位的RNA結合蛋白與染色質的相互作用，發現約60%的RNA結合蛋白與染色質有廣泛的相互作用，并且富集在基因啟動子和增強子區域。
 

更令人驚訝的是，該研究雖然只檢測了人類基因組中一小部分的RNA結合蛋白（<5%），卻發現約40%的活性染色質區域和約70%的活性啟動子區域都存在RNA結合蛋白的特異性結合，這提示RNA結合蛋白在染色質水平存在著廣泛的功能和作用。隨后，通過GRO-seq（Global Nuclear Run-On測序）實驗證實，部分RNA結合蛋白具有強烈的轉錄調控作用。
 

這項研究還重點闡釋了RNA結合蛋白RBM25通過調控轉錄因子YY1與染色質的結合，進而調控染色質結構和轉錄激活與抑制的分子機制，全面展示了特異性的RNA結合蛋白介導的轉錄因子YY1的功能調控作用。整個發現提出了RNA結合蛋白作為轉錄因子或輔助因子調控轉錄的新概念，也開辟了RNA結合蛋白功能研究的新領域。